De 1983 a la fecha, el maratón citadino ha tenido cinco salidas y metas distintas. Las dos primeras ediciones salieron del Autódromo Hermanos Rodríguez y concluyeron en el Monumento a la Revolución.
El recorrido de 1985 se disputó con salida y meta en el Autódromo y así se quedó la ruta hasta 1998. Un año después, el cronómetro empezó a trabajar en el Zócalo, y Chapultepec enmarcó la llegada de los corredores.
La edición XXXI de los 42.195 kilómetros salió del Hemiciclo a Juárez y tuvo meta en el Estadio de CU, con casi un 70 por ciento del recorrido original del maratón de los Juegos Olímpicos de México 68.
En 2019 la ruta sufrió un nuevo cambio pues ahora fue a la inversa, la salida fue en Estadio Olímpico Universitario y la meta fue en el Zócalo.