Además de cantante, Flavio César incursionó en la actuación al aparecer en algunos melodramas.
Agujetas de Color de Rosa (1994) fue el proyecto que lo posicionó como galán de telenovelas al interpretar a Martín Dávila, un guapo y noble joven enamorado de Paola Armendares, interpretada por Natalia Esperón.
Aunque Flavio César no había actuado antes, no fue complicado participar en el exitoso proyecto de Luis de Llano, pues su personaje era exactamente como él.
En 1996 protagonizó Confidente de Secundaria junto a Irán Castillo y su hermano Charlie Martínez. El proyecto se basaba en un popular programa de radio en el que se aconsejaba a los jóvenes.
Ese mismo año lanzó su tercer disco, titulado Qué Será de Mí, que siguió a Mediterráneo, de 1995.