Después de dejar la banda en 1994, Jonathan llevó una vida relativamente privada. Sin embargo, en una entrevista del 2000 con People, Jonathan reveló los desafíos que enfrentó mientras buscaba una carrera como ídolo adolescente.
“A veces, en ese entonces, daba mucho miedo. Especialmente en los aeropuertos; lo máximo que recibí fueron algunos rasguños, pero esas multitudes podían salirse de control”, dijo.
Culpó de la ruptura de la banda a las travesuras fuera de control de los devotos seguidores de la agrupación. Además, admitió que él fue el primer miembro de la banda en darse por vencido, lo que provocó que los otros miembros se molestaran.
Jonathan, que ahora está contento con el resultado de su vida, eligió no dar más detalles sobre su sexualidad en la entrevista y señaló que él y los otros miembros de la banda no hablan de su vida personal.
El cantante está en una relación con el actor Harley Rodríguez desde hace más de una década. La pareja compitió previamente en la temporada 26 de The Amazing Race en 2015, terminando noveno lugar.
Cuatro años después, Jonathan le propuso matrimonio a su pareja mientras estaba de vacaciones en África. La pareja ha estado viviendo en una finca en Essex, Massachusetts.