Hasta el 27 de septiembre de 1864 se instaló formalmente la Junta Auxiliar Jalisciense de Geografía y Estadística correspondiente de la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística, siendo su primer presidente Hilarión Romero Gil, destacado filántropo jalisciense.
Entonces se asociaciron personalidades que hoy nombran calles importantes de Guadalajara por sus atribuciones o descansan en la Rotonda de los Jaliscienses Ilustres.
El geógrafo Longinos Banda, los abogados Juan Gutiérrez Mallén y Manuel Mancilla, el político Anastasio Cañedo, el canónigo José Luis Verdía, el economista Manuel Zelayeta.
El político y profesor Andrés Terán, elegido tras la Guerra de Reforma como Magistrado del Supremo Tribunal del Estado de Jalisco en 1861, Manuel del Corro, Manuel de la Torre y el canónigo doctoral y Rector de la Universidad de Guadalajara en 1859, Juan N. Camarena.
Luego de una pausa debido a la intervención francesa se reestructuró en 1869 la Sociedad Nacional y con ello a la Junta Jalisciense llegaron personalidades como el matemático Longinos Banda, Lázaro Pérez, Juan I. Matute, Ignacio Fuentes, el abogado y diputado del Congreso de Jalisco Emeterio Robles Gil, entre otros reconocidos intelectuales.
Formaron parte de esta institución en distintos años personajes como el periodista y bibliotecario Allberto Santoscoy, los escritores Victoriano Salado Álvarez, Jesús López Portillo y Manuel Cambre.
Por muchos años, la Sociedad estuvo presidida por el presbítero Severo Díaz Galindo, destacado estudioso de observaciones astronómicas y sísmicas que llevó a cabo y a los referentes a los recursos hidráulicos como su defensa del Lago de Chapala.