Javier Aguirre entró al relevo en lugar de Enrique Meza y salvó el barco para poner el cuadro nacional en el Mundial de Corea-Japón 2002, competencia en la que fue eliminado en los Octavos de Final. Regresó para dirigir a México en la Copa del Mundo de Sudáfrica 2010 en la que tampoco logró llegar al quinto partido, se fue molesto y estresado por la presión que vivió. Sin embargo, el año pasado aceptó la oferta de Juan Carlos Rodríguez, ex Comisionado de la FMF, para tomar las riendas del equipo, entrando al quite en lugar de Jaime Lozano.
Pese a los movimientos que se dieron tras la salida de la “Bomba” Rodríguez, se mantiene al frente del Tricolor para llevarlos al Mundial del 2026, en su tercera era al frente de la Selección Nacional.