Luego sufrir un cese intempestivo en el 2000, por diferencias irreconciliables con los directivos, Javier Jiménez Espriú y Guillermo Soberón, Hugo Sánchez regresó un año después para encabezar un proyecto altamente exitoso.
El primer título llegó en el Clausura 2004, cuando los universitarios vencieron en penales al Guadalajara y para el Apertura 2004 le dieron forma al bicampeonato, derrotando a domicilio al Monterrey.
Hugo fue campeón como jugador en la temporada 80-81 y luego ostentó el único bicampeonato con el equipo auriazul.