La desafiliación es el hecho de excluir de toda competición a los clubes registrados ante un organismo como la Federación Mexicana de Futbol, que haya quebrantado la reglamentación del órgano.
La FMF tiene en sus reglamentos distintas vías de desafiliación a clubes o a individuos, como adeudos, incumplir cuaderno de cargos y dar o recibir dádivas, entre otros.
Tras los hechos entre los aficionados de Querétaro y Atlas, varios aficionados pidieron la exclusión de los Gallos, algo que la Federación no cumplió pero que hizo recordar a otros clubes que no tuvieron la misma suerte de los emplumados.
Veracruz
El Veracruz fue uno de los equipos más conflictivos de la Primera División de México, pues fue excluido en dos ocasiones, ambas por adeudos.
La primera se dio en el 2011, bajo el mando de Mohamed Morales, mientras que la última, con Fidel Kuri como su propietario, fue en el 2019.
La más reciente desafiliación dejó la imagen que quedará en el recuerdo, pues sus futbolistas, que no habían cobrado, no se movieron unos minutos.
Indios de Ciudad Juárez
Los Indios de Ciudad Juárez fueron del cielo al infierno pues en los dos años en los que el equipo jugó en la Primera División se salvó del descenso, y hasta llegó a la Liguilla, pero no le alcanzó para echar raíces en la Liga pues fue desafiliado en el 2010 luego de no cubrir los adeudos con jugadores y cuerpo técnico.
Colibríes
Los Colibríes de Morelos fue otro equipo animador de la Primera División de México, formando parte de ella de diciembre de 2002 a mediados de 2003.
Su paso fugaz es recordado por el apoyo de su público en el estadio Mariano Matamoros de Xochitepec, Morelos, pero también por los adeudos que la directiva tuvo con sus futbolistas, quienes llegaron a manifestarse dentro del campo portando playeras con la leyenda “basta de mentiras”, criticando la falta de pagos.
El club fue desafiliado por deudas.
Irapuato
Irapuato es un equipo histórico del futbol mexicano, pero en los últimos años no ha contado con suerte para volver a la Máxima Categoría.
En la década de los 2000, el equipo tenía posibilidades de pelear por el título, pero fue desafiliado por la FMF ya que la directiva no pudo cumplir con el cuaderno de cargos.
Jaguares
Jaguares tampoco pudo sostenerse económicamente por lo que ni siquiera jugó en el Ascenso MX.
En el 2017 familia López Chargoy no liquidó los adeudos con el equipo, por lo que la franquicia fue desafiliada y quedó en poder de la Federación Mexicana de Futbol.