El “Vasco” Aguirre tuvo la fortuna de dirigir en dos ocasiones a la Selección Nacional, primero salvó al equipo en la eliminatoria y tras superar una situación crítica que los tenía al borde de la eliminación, los llevó a la Copa del Mundo de 2002, donde llegó a los Octavos de Final, siendo eliminados por Estados Unidos 2-0, en una derrota muy dolorosa porque el equipo había tenido un buen desempeño en la fase de Grupos, venciendo a Croacia y Ecuador, para luego empatar con Italia 1-1.
Para Sudáfrica 2010, el equipo también avanzó a Octavos y ahí le tocó caer frente a Argentina. Bajo su mando el Tricolor recuperó orden y fuerza, pero no le alcanzó para ir al quinto partido.