Y si era romántico en sus canciones y relataba aventuras en éstas, Manzanero consolidó esta vena como padre y pareja en su ámbito familiar, ya que tuvo siete hijos con cuatro distintas mujeres. Se casó en cinco ocasiones. Su actual esposa, viuda desde hoy, es Laura Elena Villa.
Armando, Diego, Martha y María Elena fueron los primeros cuatro vástagos que procreó con María Elena Arjona Torres, con quien se casó en 1957 y duró casi ocho años unido. Su primogénito Armando, tiene actualmente 61 años.
Juan Pablo, Mainka y Rodrigo son sus otros tres hijos, con distintas madres, y sin duda es JP el más conocido, ya que heredó el gusto por la música y es productor y realizador, y editó álbumes como Llévame al Fondo de Ti y Cruce en el Andén, además de que ha musicalizado diversos largometrajes, entre ellos, Alta Tensión. También ha compuesto éxitos para Sasha, Christian Castro y Ricky Martin.