El “Titán” ya estaba preparado para brillar y para hacerlo necesitó de los Padres de San Diego.
Su traspaso en 2006 le cayó como anillo al dedo, ya que fue donde el primera base alcanzó su mejor nivel al promediar .304 y conectar 24 jonrones que le darían el pase al Juego de Estrellas, además de firmar un contrato por 19.5 millones de dólares por campaña y ganar dos Guantes de Oro en 2008 y 2009.
Medias Rojas de Boston, Dodgers de Los Ángeles, Bravos de Atlanta y Mets de Nueva York, fueron otras de las franquicias por las que pasó Gonzaléz.
En la Liga Mexicana de Beisbol portó la franela de Mariachis de Guadalajara, su último equipo antes del retiro, mientras que en la Liga Mexicana del Pacífico jugó con Venados de Mazatlán las temporadas 2005-2006 y 2008-2009.