Migra Alfaro al PRD y choca con Grupo UdeG
Tras renunciar al PRI en noviembre del 2005, Enrique Alfaro se fue primero a coordinar la campaña del candidato del PRD a la Gubernatura, Enrique Ibarra, y luego formó parte de la bancada del Partido del Sol Azteca en la 58 Legislatura local.
Alfaro tuvo múltiples diferencias con su compañero diputado, Samuel Romero Valle. Primero por la coordinación de la bancada, luego por las votaciones en el Poder Legislativo y hasta por el control del PRD en el Estado.
“A mí cuando se me ofreció ser candidato a diputado nadie me dijo que la condición para hacerlo era ser lacayo de Samuel Romero”, señaló Alfaro en uno de los desencuentros que tuvo con el universitario.

Disputan el control de Tlajomulco
Luego de fuertes jaloneos entre Alfaro y el Grupo UdeG por la conformación de la planilla de la coalición PRD-PT que competiría por Tlajomulco de Zúñiga, ambos bandos llegaron juntos a los comicios del 2009 y lograron un triunfo histórico.
Una coalición de izquierda había ganado por vez primera un municipio metropolitano.
Pero la luna de miel duró poco. La supuesta intención de Raúl Padilla de “secuestrar la Administración municipal” imponiendo a más de la mitad de los funcionarios en el Gobierno de Enrique Alfaro terminó de fracturar la relación.
El entonces Alcalde prescindió de funcionarios afines al ex Rector de la UdeG y declaró a Tlajomulco territorio libre de Raúl Padilla.

Cobran factura en 2012
“Ahora los golpes son bajos, son por detrás, son puñaladas, dan el golpe y no dan la cara. Esa es la nueva forma de procesar la política: más a partir de generar conflictos, más a partir de propiciar guerra sucia”, dijo Raúl Padilla en el 2010 al subrayar que había similitudes entre el conflicto que tuvo primero con el ex Rector Carlos Briseño y luego con el Alcalde de Tlajomulco, Enrique Alfaro.
Aunque el ex Rector aseguró en esa ocasión no ser de los que avienta la piedra y esconden la mano, en las elecciones del 2012 por la Gubernatura el Grupo UdeG le pasó la factura a Enrique Alfaro, quien contendió como candidato de Movimiento Ciudadano.
De cara a los comicios, Raúl Vargas, afín al Grupo UdeG y entonces coordinador de la bancada del PRD en el Congreso del Estado, develó la existencia de una sociedad comercial (Ocean View) en la que participaban Alfaro y el consejero electoral, Víctor Hugo Bernal, lo que podía representar un conflicto de interés.
Desde el Partido del Sol Azteca también se denunció el viaje que hizo Alfaro a Cuba en jet privado en compañía de consejeros electorales -poniendo en riesgo su imparcialidad con miras a las elecciones- y sin dar aviso al Cabildo.
El entonces Alcalde de Tlajomulco había ido al País caribeño a invitar al cantautor Silvio Rodríguez para que diera un concierto en el municipio.
Alfaro perdió la contienda de 2012 en contra de Aristóteles Sandoval y luego rompió con el Presidente del IEPC, Tomás Figueroa, a quien acusó de haber adoptado una postura parcial.

Reconciliación y acuerdos
Con las elecciones del 2015, en las que Enrique Alfaro compitió por la Presidencia Municipal de Guadalajara bajo las siglas de MC, vino la reconciliación.
Tras limar asperezas con Padilla y su grupo, Alfaro ganó los comicios municipales. La armonía en la relación se extendió hasta la contienda del 2018, en la que el emecista disputó de nueva cuenta el Gobierno de Jalisco. En esta ocasión sí se adjudicó el triunfo.
Como resultado de la alianza, MC cedió al Grupo UdeG diputaciones locales y federales, así como una suplencia en el Senado y posiciones de Gobierno.
En casi año y medio de pandemia por Covid-19, ha habido una relación de estrecha colaboración entre la Administración alfarista y la Universidad de Guadalajara para hacer frente al problema sanitario.

Pende relación de un hilo
Transcurridos apenas dos meses de las elecciones intermedias del 6 de junio, la buena relación entre Enrique Alfaro y la universidad tambalea. El motivo aparente: un diferendo presupuestal.
Diputados de MC propusieron reorientar 140 millones de pesos que estaban asignados al Museo de Ciencias Naturales (del CCU) al Hospital Civil de Oriente y el Gobernador vio el planteamiento con buenos ojos.
La UdeG, sin embargo, ha calificado esa acción como un “ataque” a la institución educativa.
Los niveles de tensión entre las partes ya habían subido de tono durante las campañas de este año, con la manifestación de universitarios en la Glorieta de los Niños Héroes para exigir justicia por el homicidio de tres estudiantes.
A ello se suma el hecho de que el partido Hagamos, afín a la UdeG, logró obtener su registro como instituto político local en el proceso electoral de este 2021.