La Semarnat destaca que a lo largo de la ruta hay 25 áreas naturales protegidas, con más de ocho millones de hectáreas en régimen de conservación, y se procurará que tengan programas de manejo actualizados.
Además, se crearán tres áreas naturales más: Calakmul 2, que implicará la protección de 5 mil 791 hectáreas para flora y fauna; el Parque Nacional Jaguar, con 2 mil 260 hectáreas, y Nuevo Uxmal, de 2 mil 230 hectáreas.
También se tiene considerado un parque de esparcimiento, el Parque La Plancha, en Mérida, Yucatán, de 7.5 hectáreas.