El progreso tecnológico ha pasado factura. El mako, la energía vital del planeta, ha comenzado a agotarse a causa de la alta explotación de este recurso.
Shinra, la compañía de electricidad, controla dicho suministro a través de ocho reactores que lo absorben para proveer energía a todos los habitantes de la ciudad de Midgar.
Dispuestos a destruir a Shinra parte por parte, un grupo de rebeldes conforman la organización llamada Avalancha, cuyo propósito es hacer lo necesario para proteger el planeta.
Al contar con la experiencia de Cloud Strife, un mercenario que solía ser miembro de la fuerza élite de Shinra, Avalancha destruye el reactor de mako número 1. Desafortunadamente, los resultados no son los esperados y Cloud es perseguido por fantasmas del pasado que le inquietan constantemente.
Ahora, la misión de traer el equilibrio al mundo se ha convertido en una guerra sombría.
Adicionalmente, Final Fantasy VII Remake Intergrade incluye el Episodio Intermisión, que introduce a Yuffie Kisaragi, una joven ninja, como la protagonista.
Bajo las órdenes del gobierno de Wutai, su tierra natal, Yuffie tiene la tarea de sumar sus fuerzas a Avalancha para robar la Materia más poderosa que Shinra haya fabricado y así demostrar que su pueblo aún tiene la determinación de luchar.