El paraguayo puede presumir ser campeón en tres de los cuatro clubes en el futbol mexicano.
Su primera corona se la adjudicó con Tijuana, donde jugó entre Apertura 2012 y Apertura 2013, fue pieza fundamental para el título de Antonio Mohamed.
Después lo firmó el América para el Clausura 2014 y se coronó en la siguiente temporada, Apertura 2014. Ahí permaneció hasta el Apertura 2017.
Portó los colores de La Máquina desde el Apertura 2018 y junto a Julio César Domínguez, conformó la dupla de centrales para defender a los celestes.
Aguilar logró la novena estrella con los cementeros en el Guardianes 2021.