En los últimos años, el nombre de Luis Enrique Santander ha estado ligado a la polémica, luego de algunos errores cometidos en los partidos de la Liga MX.
1. Chivas vs. Tigres / Final vuelta Clausura 2017
Con los felinos buscando un gol, Ismael Sosa cayó dentro del área tras una patada de Jair Pereira, pero el silbante dejó seguir la jugada. De inmediato los reclamos de los elementos y la afición de Tigres se hicieron presentes en el Estadio Akron. Un año después, el nazareno confesó que se equivocó en la marcación.
2. Chivas vs. Querétaro / J9 Guardianes 2020
De nuevo las Chivas recibieron la “ayuda” del silbante. La polémica llegó en los instantes finales del duelo, cuando José Juan Macías cayó dentro del área. Desde el VAR, donde estaba Santander, le indicaron al central Eduardo Galván de la falta y se decidió marcar el penal, aunque no fue aprovechado por el delantero rojiblanco, pues el arquero Gil Alcalá evitó el tanto que le pudo dar la victoria a los tapatíos.
3. Pachuca vs. Rayados / J10 Guardianes 2020
Una fecha después, Santander volvió a cometer un error arbitral. En un jugada accidental, Aké Loba entró fuerte a la disputa del balón con Leo Ramos y el de los Tuzos recibió la peor parte. Tras revisarlo en el VAR el silbante mostró la cartulina roja al marfileño. El Monterrey apeló la expulsión y la Comisión Disciplinaria falló a su favor.
4. Toluca vs. Pumas / J6 Guardianes 2021
El silbante anuló el gol con el que Pumas pudo tener la ventaja en el partido, tras señalar un fuera de lugar de Emanuel Montejano, quien no participó en la jugada, tras la revisión en el VAR. La decisión fue respaldada por el presidente de la Comisión de Árbitros, Arturo Brizio, quien señaló que era correcta.
5. Necaxa vs. Rayados / J7 Guardianes 2021
En el duelo entre hidrocálidos y albiazules, Santander no sólo pifió una vez, sino tres. Primero al no conceder un gol de Rayados, luego de que el balón pasó por completó la línea de meta, después no marcó un penal a favor del Monterrey luego de una falta sobre Alfonso González, y para terminar la polémica, el silbante dio por válido el tanto del empate del Necaxa pese a que un jugador estaba en fuera de lugar. Pese a eso, Santander estará al frente del VAR en el duelo del domingo entre Querétaro vs. Puebla.