Es profesor de posgrados en el Ciesas, trabajó como consejero electoral del Consejo Local del Instituto Federal Electoral en el estado de Veracruz, entre 2003 y 2006, y es miembro del Sistema Nacional de Investigadores nivel III. Su enfoque ha estado centrado en la teoría del control social de las políticas públicas, así como la rendición de cuentas y la transparencia.
El 7 de diciembre de 2013 fue detenido por unas horas acusado por el presunto delito de coacción en contra del entonces diputado priista de Veracruz, David Velasco Chedraui.
Junto con el otrora investigador de la Universidad Veracruzana Iván Rísquez Valdepeña, Isunza Vera participaba en un movimiento vecinal contra una serie de trabajos realizados por Constructora Edivel SA de CV, propiedad de Velasco Chedraui.