Joker una vez más es encadenado por un oscuro destino que le hace retornar hacia el Metaverso para enfrentar, con sus amigos, a hordas de sombras. El combate es al estilo hack and slash, al combinar elementos que ya caracterizan a Persona 5.
Al derrotar a las sombras, estos seres que la gente reprime en lo más profundo de su ser y que se materializan como amenazas en el Metaverso, es posible que Joker y sus amigos se encuentren con máscaras que resguardan una Persona adentro, un ente poderoso que se convertirá en tu aliado para que puedas aprovechar sus habilidades y poderes.
Al recorrer el Metaverso, puedes elegir a los miembros de tu equipo que te acompañarán. Cada uno cuenta con habilidades distintas y sus respectivas Personas. Esto es importante, pues tanto tus aliados, como tus enemigos son más débiles o más fuertes al enfrentarse a ciertos elementos.
El sistema de combate es híbrido, al fusionar un combate de acción en tiempo real con secuencias de pausa, para elaborar estrategias al utilizar las habilidades de las Personas que te acompañan, al usar objetos o al intercambiar el control entre los miembros de tu equipo para ser más efectivo en los combates.